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“杀菌"，它不仅仅指饮料的后杀菌，而且应包括设备的杀菌，原料的杀菌，包装物的杀菌，甚至也包括生产场地、人员等的清洁卫生工作。 植物蛋白饮料本身即是优良的微生物培养基。据有人试验，灭菌豆奶暴露在空气中20分钟后，细菌即可达无法计数。由此可见，无论哪个生产环节没有做好严格的杀菌工作，都可能导致饮料的劣变：如pH值下降，分层沉淀，变质等。
人们往往不重视设备、容器、管道的严格消毒灭菌工作，在使用后、停产前仅用热水甚至冷水冲洗。我们认为，蛋白饮料最好连续生产。如要中断生产，在24小时以内，可分别在停机后和开机前用沸水将所有接触料液部分浸没冲洗10分钟以上；超过24小时，必须用65℃、2%烧碱水冲洗5分钟以上（如有结垢，应在洗净碱水后，再用2%硝酸液清洗5分钟以上），再用开水冲洗10分钟后备用。
包装容器的杀菌清洗也至关重要。特别是玻璃瓶，往往是回收的，其内壁残存蛋白饮料，细菌无法计算。必须用65℃、2%浇碱水浸泡冲洗5～10分钟，或用5%常温烧碱水浸泡20分钟以上。
总之，必须杜绝任何细菌可能进入饮料的通道，方能制得合格产品。有人认为，反正最后要进行高温杀菌，生产过程中可以马虎一些。须知：饮料在生产过程中细菌已无法计数了，高温杀菌也不可能做到绝对无菌，这样饮料保存一段时间后细菌超标就不可避免了。
理解了杀菌的重要性，温度和时间的重要性就很好理解。控制温度和时间，其目的都为了控制微生物的滋生，防止饮料在生产过程中的变质。在生产过程中，料液如已经微生物超标，则将难以保证最终产品的质量和保质期。我们可以通过控制温度和时间，以确保生产过程中微生物不至大量繁殖。
微生物生长的最适温度在25～35℃左右，温度的升高，将使微生物的繁殖受到抑制；高温可导致大部分细菌“热致死"。
在70℃以上可以杀灭大部分嗜冷菌和嗜温菌，嗜热菌的活性也受到抑制。因此，在生产过程中 ，尽早将料液的温度提高到70℃以上，并一直维持在70℃以上，这应当作为我们对生产温度的基本要求；由于时间越长，微生物污染的可能性越大，因此生产过程时间越短越好，饮料从磨浆至进入杀菌锅不应超过一小时，这应作为我们对生产操作时间的基本要求。
有的企业生产设备不配套，前工序的设备小而杀菌锅太大，因此料液要经长时间搁置才能装满一锅，造成时间延长，温度下降，所以饮料总是做不好。建议加强设备配套，批量宜小，节奏要快，温度要高，才能做出好的植物蛋白饮料.
